Сюжет сериала посвящён истории Пасифики Касулл, пятнадцатилетней принцессы королевского дома Лейнвана, которая, согласно 5111-му Пророчеству Гренделя является «ядом, который уничтожит мир», когда ей исполнится шестнадцать лет. Предсказание было сделано незадолго до её рождения. Так как предыдущие 5110 Пророчеств Гренделя неизменно оказывались верными, Пасифика была официально казнена в младенчестве.Однако в тайне ото всех древнее семейство Касуллов, не согласное с решением короля и не верящее в 5111-е Пророчество, спасло девочку и воспитало как собственную дочь. В течение пятнадцати с лишним лет истинную личность Пасифики Касулл удавалось держать в секрете, однако за несколько месяцев до её шестнадцатого дня рождения королевские войска взяли штурмом усадьбу Касуллов. Они убили всех там находившихся, кроме самой Пасифики и её приёмных брата и сестры, Шаннона и Ракуэль, которым удалось бежать.

Десятилетняя Цубаса Сиина вместе с отцом (мать умерла при родах) переезжает из столичного Токио в сельскую глушь острова Хоккайдо, где её отец, работая в небольшой пекарне, надеется овладеть мастерством пекарного дела. Будучи тихой и застенчивой девочкой, полной комплексов и страхов, Цубаса не смогла сдружиться с новыми одноклассниками, и пока поглощённый своими проблемами отец дневал и ночевал в пекарне, она проводила вечера в одиночестве, играя с собакой Тэнмару и мечтая о встрече с оставшейся в Токио подругой.Всё резко меняется, когда однажды ночью девочка становится свидетельницей падения инопланетного корабля, который перевозил на борту опаснейший груз — шесть яиц страшного монстра Магийа, используемого в качестве биологического оружия. Собственно, неожиданный выход из яйца одного из чудовищ и послужил причиной падения, и на глазах Цубасы раненый пилот ДиДи вступает с монстром в неравную схватку. В самый критический момент биощит ДиДи неожиданно вступает в реакцию с Цубасой, образовав при слиянии с ней грозную воительницу Фигуру 17, легко разделавшуюся с монстром. Но самое главное — при последующем разделении биощит обернулся точной копией Цубасы — весёлой и непосредственной девчушкой Хикару. Так Цубаса обрела сестру-близнеца, наполнившую её жизнь теплом и участием, которых ей так не хватало.Поскольку оставшиеся пять яиц Магийи рассеялись по всему Хоккайдо, ДиДи остаётся на Земле, чтобы не допустить их пробуждения. До прибытия подмоги ему приходится рассчитывать лишь на Цубасу и Хикару. Ведь только Фигуре 17 под силу разделаться с монстрами…

Прошло три года со времени действия Seikai no Monshou. Начавшаяся война между Человеческой Империей Ав и Объединённым Человечеством набирает обороты. Лафир получает под своё командование «атакующий корабль», Джинто устраивается на тот же корабль интендантом.