В далёком будущем на человечество нападает инопланетная раса Мазонов, которая начинает истреблять людей. При этом земное правительство не принимает усиленных попыток борьбы за независимость, довольствуясь нынешнем положением. Так капитан Харлок вместе со своим экипажем и звездолётом «Аркадия» решает в одиночку веcти борьбу против инопланетных агрессоров, в частности Мазонов, которые исследовали землю в далёком прошлом и теперь считают её своей планетой.

Юто Такамине и его младшая сестра Каори, были на могиле их родителей, когда они были внезапно вызваны в другой мир, Фантасмагорию. Король и его дочь по имени Рестина взяли Каори в заложники, и приказали, чтобы Юто боролся против их врагов. Тогда, Король дал ему меч по имени «Мотоме», чтобы защитить их королевство от вражеских духов. Каори будет освобождена, если Юто поможет защищать Фантасмагорию. Таким образом, поездка Юто начинается.

Человечество нашло способ настолько хорошо усовершенствовать организм на генном уровне, что подопытные превосходили обычных людей по всем параметрам. Дети с измененными генами были быстрее, сильнее, намного умнее. Люди никогда не любили тех, кто сильно от них отличается. Началась война между Координаторами, людьми с измененным генным кодом, и Натуралами, получившими свои способности от природы. По случайности в эпицентре этой войны оказался подросток, Кира Ямато. Чтобы защитить своих друзей, он становится пилотом управляемого боевого робота GUNDAM. Сам Координатор, Кира не придает значения различию между Координаторами и Натуралами, и сражается на стороне тех, кого любит. Сражается за то, чтобы прекратить бессмысленную войну.