В 2038 году был запущен седьмой корабль класса «Новый Макросс» с городом колонизаторов на борту. Его капитаном был назначен Макс Джениус, ветеран Первой Космической войны.На борту «Макросса 7» создается рок-группа «Fire Bomber», солистами которой становятся молодой музыкант Басара Нэкки и дочь капитана корабля, Милен Джениус.Во время полета колонизаторы сталкиваются с новым врагом, в сражениях с которым находят применение таланты Басары и Милен…

1999 год. На Землю падает огромный метеорит, оказавшийся инопланетным космическим кораблем. Чтобы быть готовыми к появлению его хозяев, земляне начинают изучать и восстанавливать системы корабля. Однако явившиеся пришельцы оказываются не владельцами корабля (названного «Макросс»), а их древними врагами. Главная пушка «Макросса» автоматически стреляет — и начинается война землян и инопланетян — гигантов Зентреди.Несмотря на гигантский рост и совершенное знание военного искусства, Зентреди исключительно уязвимы — им незнакомы понятия «культура» и «любовь», и простая романтическая песня оказывается более мощным оружием, чем все боевые роботы экипажа «Макросса». На фоне войны развивается любовный треугольник главных героев — пилота Ичидзё Хикару, его начальницы, капитана Хаясэ Мисы, и начинающей поп-исполнительницы Линн Минмэй.

Однолетняя война близка к завершению, поражение Герцогства уже неминуемо. Республика Риа, расположенная в группе колоний «Сторона 6» и ранее соблюдавшая нейтралитет, начала тайные переговоры с Земной Федерацией и позволила разместить на своей территории земной гарнизон.Колония Либот входит в республику Риа. Ее жители не знают ужасов войны и продолжают спокойно жить, учиться и работать. Однако через Либот проходят секретные военные поставки Земли, и потому колония становится объектом внимания элитной группы спецназа Герцогства. В последний момент в состав группы захвата включают молодого пилота Бернарда Вайзмана, не имеющего опыта операций такого рода.Вайзман уже был на Либоте — его «мобильный скафандр» был сбит в сражении с земным гарнизоном. Спастись Бернарду помог одиннадцатилетний Альфред Изуруха, обожающий собирать военную символику и слушать рассказы о войне.Вернувшись на Либот, Вайзман снова сталкивается с Альфредом и знакомится с его красавицей-соседкой Кристиной Мак-Кензи. Молодые люди нравятся друг другу, но Кристина не знает, что Бернард — боевой пилот Герцогства, а Бернард не знает, что Кристина — боевой пилот Федерации…

Зентреди снова нападают. На сей раз в их распоряжении есть музыка, нейтрализующая воздействие голоса Минмэй. В центре событий оказывается тележурналист Кандзаки Хибики и его друзья и враги, а «Макроссу» приходится снова отправиться в бой.

Через несколько сотен лет в будущем, ресурсы Земли истощили себя, и прогресс человеческого рода зашел в тупик. Мир теперь разделен на «Блоки». Мальчик по имени Хаджики Санада живет со своей матерью и сестрой в Блоке 74, в месте, названном «Ночной Город», где электричество отключают ровно в полночь.Ключ к этой истории — объект под названием ГЭД. ГЭД обладает способностью восстанавливать материалы, реагируя на чувства органической «жизни». Размер и форма получающегося продукта может быть различна, это зависит от чувств, которые испытывает данный вид «жизни». Когда Хаджики входит в контакт с таким «чудом», его чувства создают огромного робота «Тэккудо» (Стальной Гигант), которого Хаджики называет Молнией. И скоро он понимает, что он не единственный, кто вошел в контакт с ГЭДОМ, более того, он их чувствует и должен понять, как с ними быть.